Ильинско-Черниговская икона Божией Матери была написана в 1658 году иконописцем Григорием Константиновичем Дубенским, в монашестве Геннадием.

В 1662 году в течение 8 дней, с 16 по 24 апреля, от иконы истекали слезы. В том же году татары напали на Чернигов и разорили его. В полночь они ворвались в Троицкую обитель, вошли в церковь, опрокинули все иконы, взяли всю утварь, но чудотворная икона со всеми украшениями осталась неприкосновенной.

Невидимая сила не допустила нечестивцев до святой иконы. Царица Небесная не допустила также, чтобы враги вошли в пещеру преподобного Антония Печерского, где скрывалась братия обители. Внезапно, как бы устрашенные непостижимым видением, татары обратились в бегство.
Чудеса Божией Матери от Ее Черниговской иконы описал святитель Димитрий Ростовский в книге "Руно Орошенное". Позднее о Черниговской иконе Божией Матери писал святитель Тобольский Иоанн. Чудотворный список Черниговской иконы Божией Матери, находившийся в Гефсиманском скиту Троице-Сергиевой Лавры, прославился в 1869 году.

На Черниговской Ильинской иконе Богомладенец благословляет правой рукой, а левую держит на коленах, тогда как на иконе Свято-Ильинской обе Его руки простерты без благословения. На Черниговском-Ильинском образе как Божия Матерь, так и Ее Предвечный Младенец изображены в венцах, а на Свято-Ильинском образе венцов совершенно нет.