Церковь причислила его к лику святых как святителя.

Первое житие святителя Иоанна было написано уже в VII веке его современником Леонтием Неаполитанским. У Метафраста рассказывается о чудесах, совершавшихся при его мощах, после его смерти.

Мощи его находились в Константинополе, в 1249 году перевезены в Венецию; другие части мощей с 1489 года в Будапеште (сегодня в Братиславе).

Также известно о нахождении мощей патриарха Иоанна в следующих афонских монастырях: Дионисиат (десница), Ватопед, Пантократор, Дохиар и Каракал